Автономная некоммерческая организация «Центр экспертиз» была создана в ноябре 2016 года на базе Новосибирского государственного педагогического университета главным образом в целях предоставления услуг в сфере научных исследований, разработки в области экспертиз, проведения экспертных исследований и оценок. В 2017 году антитеррористической комиссией Новосибирской области в интересах реализации мероприятий по противодействию распространению идеологии терроризма и экстремизма, а также привлечения к этой деятельности экспертного сообщества было принято решение о вхождении Новосибирской области в состав учредителей Центра. В 2018 году, по решению регионального правительства, были реализованы все необходимые организационные вопросы, деятельность Центра обеспечена бюджетным субсидированием.