Николай Васильевич Пустовой родился 15 мая 1947 года в Новосибирске.
В 1965 году, после окончания средней школы с серебряной медалью, поступил в Новосибирский государственный технический университет.
В 1970 году окончил с отличием самолетостроительный факультет по специальности «Самолетостроение» и поступил в аспирантуру кафедры «Прочность летательных аппаратов» к профессору Льву Куршину.
В 1974 г. защитил кандидатскую диссертацию «Устойчивость и закритическое поведение цилиндрических оболочек» по специальности «Прочность летательных аппаратов».
С 1973 года работает на кафедре «Прочность летательных аппаратов». С 1981 года являлся ее заведующим.
В 1994 г. Пустовому присвоено ученое звание профессора кафедры прочности летательных аппаратов.
Последние 15 лет был первым проректором университета.
Прежний ректор НГТУ Анатолий Востриков, который руководил вузом с 1990 года, сложил с себя обязанности с истечением срока полномочий.