С сентября 2004 года прокуратурой Советского района Новосибирска было возбуждено два уголовных дела в отношении проректора НГУ Николая Маркова. Обвинения сводятся к превышению Марковым должностных инструкций, злоупотреблению служебным положением, присвоению и растрате бюджетных денежных средств.
В сентябре прошлого года прокуратура Советского района Новосибирска вынесла постановление, из которого следует, что «Марков Н. Г . незаконно, превышая свои полномочия, организовал автомобильные стоянки на территории и в боксах гаража НГУ и автопарка военной кафедры». С сотрудников и рабочих университета, парковавших свои машины на этих стоянках, не взималась плата. Действия Маркова прокуратура истолковала как повлекшие «существенное нарушение прав и законных интересов НГУ, выразившееся в упущенной выгоде на сумму 467,075 рублей». Однако суд постановил: «Университет не имел права заниматься коммерческой деятельностью, связанной со сдачей земельных участков в аренду под автостоянки, а поэтому никакой упущенной выгоды быть не могло», и признал возбуждение уголовного дела незаконным.
Возбуждение этих уголовных дел было дважды обжаловано в суде и дважды признано судом незаконным (последнее решение от 20.05.2005 г.). Руководство НГУ считает, что за скандалом вокруг проректора Маркова кроется заказная компрометирующая кампания, направленная против университета.
В течение года руководство НГУ не комментировало развитие истории с «уголовными делами против Маркова» в прессе. Позиция ректората университета была однозначной: если нарушения будут доказаны, нарушители ответят по всей строгости закона. Однако, по прошествии года со времени первых проверок, руководству НГУ не были представлены
На пресс-конференции,
Год мы не вмешивались в раздуваемый скандал, надеясь, что следственные органы разберутся и все будет по закону, но, не дождавшись ответа, решили публично заявить о своем намерении понять истинные причины В заказном характере этой кампании сейчас мы уже не сомневаемся».
Руководство университета обозначило три основные версии затянувшейся кампании, компрометирующей вуз. Первая связана со строительством в Академгородке