Межведомственную комиссию возглавлял Алексей Никитин — начальник департамента организации и сопровождения ремонтов ОАО «РусГидро».
В первую очередь комиссия проверила выполнение и соблюдение персоналом станции требований законодательства РФ по промышленной безопасности. Ею была дана положительная оценка проведённой 8 октября противоаварийной тренировки по теме восстановления режима Новосибирской ГЭС и вывода в ремонт поврежденного оборудования.
Не оказалось нарушений и относительно выполнения мероприятий по результатам контроля уполномоченными органами исполнительной власти РФ, осуществляющими функции по контролю и надзору, а также по результатам расследования технологических нарушений. С 25 августа по 15 сентября 2009 года на Новосибирской ГЭС работала комиссия Западно-Сибирского управления Ростехнадзора. Комплексная проверка была плановой, но проводилась на две недели раньше обычного из-за событий на Саяно-Шушенской ГЭС. Был выявлен ряд замечаний, часть из которых была устранена персоналом еще в ходе проверки, остальные устраняются согласно плану, согласованному с Западно-Сибирским управлением Ростехнадзора. Но выявленные отступления от действующих нормативных документов никак не влияют на надежность гидротехнических сооружений и работу гидроэлектростанции.
По результатам проверки Новосибирская ГЭС получила паспорт готовности к работе в осенне-зимний период, который является основным документом, подтверждающим выполнение всех необходимых мероприятий обеспечивающих надежную работу гидроэлектростанции.