Согласно государственной аккредитации образовательных программ, университет ведет подготовку бакалавров по направлениям: биологические науки; техника и технологии строительства; промышленная экология и биотехнологии; техносферная безопасность и природообустройство; техника и технологии наземного транспорта; управление в технических системах; сельское, лесное и рыбное хозяйство; ветеринария и зоотехния; экономика и управление; юриспруденция; сервис и туризм; образование и педагогические науки.
Направления подготовки магистров: биологические науки; промышленная экология и биотехнологии; техника и технологии наземного транспорта; сельское, лесное и рыбное хозяйство; ветеринария и зоотехния; экономика и управление; образование и педагогические науки. Перечень специальностей высшего профессионального образования: ветеринария и зоотехния; юриспруденция.
По словам врио ректора Евгения Рудого, в 2019 году конкурс по заявлениям составил 4 чел./место. Средний балл, зачисленных по очной форме обучения в счет контрольных цифр приема по общему конкурсу составил около 60. Университет постоянно расширяет возможности практической подготовки студентов и дальнейшего трудоустройства выпускников. Из 573 выпускников 2019 года, обучающихся за счёт средств федерального бюджета, около 500 были трудоустроены в ведущие предприятия АПК Новосибирской области и Сибирского региона.
