Традиционные методы диагностики требуют от 7 до 14 дней, что затрудняет массовый скрининг. ПЦР-анализ даёт результат быстрее, но нуждается в сложной и дорогой технике. Юная исследовательница из Новосибирска предложила альтернативу — технологию LAMP (петлевая изотермическая амплификация). Это высокочувствительный метод копирования ДНК при постоянной температуре. Он не требует термоциклера (дорогого прибора для ПЦР) и позволяет выявить патоген за 30–60 минут в обычной лаборатории или даже в полевых условиях.
Сначала школьница провела биоинформатический анализ последовательностей ДНК десяти разных видов грибов Verticillium и нашла общий для всех участок. Затем с помощью специальных программ подобрала праймеры — короткие молекулы, которые узнают и присоединяются только к ДНК искомого патогена.
«Главной проблемой стало появление неспецифической реакции, когда тест срабатывал даже в чистых образцах, где гриба не было, — рассказывает Марина Лазарева. — Чтобы решить эту проблему, подбирались оптимальные условия: изменяли температуру, увеличивали концентрацию праймеров и ионов магния, использовали приём "горячий старт"».
В итоге удалось добиться высокой специфичности: тест-система стала реагировать только на ДНК искомого гриба. Разработка уже прошла экспериментальную проверку.
Комментарии